Время основания собора неизвестно. Изначально он был деревянным, как многие храмы на Руси. Много раз горел и перестраивался. Одно из свидетельств о пожаре датировано апрелем 1693 года. После этого, в 1694 году, было принято решение освятить каменную церковь во имя Святой Троицы. А уже в 1744 году на средства прихожан был построен этот храм ( так свидетельствуют записи в клировых ведомостях собора). Храм постигла участь большинства храмов России - он закрывался, переобустраивался то под военный госпиталь, то под дом культуры, разрушался, восстанавливался, закрывался для богослужений, возрождался вновь. Только в 1997 году собор был окончательно восстановлен на средства добровольных пожертвований, и в это же время был заключен договор о передаче здания Новгородской епархии.